ウォール・シーナのストヘス区で勃発した女型の巨人との戦いは、巨人化したエレンの勝利で幕を閉じた。しかし、人類を守る第2の壁、ウォール・ローゼは今も巨人の侵攻に平和を脅かされていて…。

巨人の餌と化した人類は巨大な壁を築き、壁外への自由と引き換えに巨人の侵略を防いで生活していた。だが10歳の少年エレン・イェーガーは現状に違和感を覚える。とうとう、壁をも越える超大型巨人が出現し…。

本編よりも”ダークで劣悪な体内環境下”で必死に働く細胞たちの、シリアスかつ殺伐とした戦いの日々の物語──。

擬人化モノの新定番「はたらく細胞」のテレビアニメ第2期！新たな細胞、新たな細菌やウイルスの登場により、物語は新たな展開に！

細胞たちは体という世界の中、今日も元気に、休むことなく働いている。酸素を運ぶ赤血球、細菌と戦う白血球…。そこには知られざる細胞たちのドラマがあった。誰もが共感できる、体内細胞擬人化ストーリー！

科学の力で世界を取り戻すために科学王国を築く科学少年・千空の前に、人類浄化を目的とする、獅子王司の率いる武力帝国が千空たちの前に立ちはだかり――。

全人類が謎の現象によって石化して数千年後の、石の世界。目覚めた科学少年・千空は仲間を集め、科学の力で世界を取り戻すために科学王国を築く。しかし相対する武力帝国が千空たちの前に立ちはだかり――。

魔女教大罪司教「怠惰」担当ペテルギウス・ロマネコンティを打倒し、エミリアとの再開を果たしたナツキ・スバル。辛い決別を乗り越え、ようやく和解した二人だったが、それは新たな波乱の幕開けだった。少年は再び過酷な運命に立ち向かう。

――運命なんて安っぽいものに、ボクもこの子も負けないよ。雪と氷に覆われたエリオール大森林に、たった一人で暮らすエミリアは、嫉妬の魔女に瓜二つという理由から、魔女と恐れられていた。孤独を生きていたエミリアの前に現れたのは、小さな猫の姿をした精霊だった。

呪いの元凶・魔獣ウルガルムを倒してアーラム村の子供たちを救い、束の間の平穏を勝ち取ったスバルたち。ある日、スバルは一人でとある極秘ミッションに挑んでいた。目的はエミリアとのデートコースの下見。誰にもバレないよう変装までしていた、はずだったのだが…？